כידוע, שיר השירים משל לקשר בין עם ישראל לקב"ה. בשיר השירים שכולו להט רגשות של קדושה, פונה הדוד לרעיה בחיבה יתירה, וכשהרעיה שומעת את קול דודה עדיין מבחוץ היא קוראת בהתרגשות: "קול דודי דופק, פתחי לי אחותי רעייתי יונתי תמתי" (שיר השירים פרק ה פסוק ב).

פסוק זה הבא לאחר הפסוק: "אני ישנה ולבי ער" מתאר את כנסת ישראל שהיא ישנה בגלות ואינה רואה אלוקות וגם אינה יכולה להיות כלי לקבל את האור האלוקי.

אולם למזלנו, בנקודה הפנימית ביותר שבלב, ביחידה שבנפש היא עצם הנפש – אין שינה, שם הלב דופק תמיד! שם בעומקא דלבא מקום משכנה של היחידה שבנפש יש תשוקה תמידית להיפתח ולקבל את האור האלוקי, את אור האין סוף. וכשיש התעוררות מלמעלה והקב"ה מתחנן "פתחי לי אחותי"… – כשהקב"ה בא בחמלה ואהבה ומבקש להסיר את הקליפה היא הערלה המכסה את נקודת פנימיות הלב – יש גם התעוררות מלמטה, והיחידה שבנפש מתעצמת בתשוקת געגועים לאלוקות. אזי הקליפה נשברת, אין לכלוך! אין כבר מה שיפריע לחדירת האור האלוקי. נקודת הלב מתגלה והכלי מוכן ומוכשר לקבל בתוכו גילוי אלוקות, גילוי אור אין סוף. והרעיה עולה לדרגת "אחותי רעייתי יונתי תמתי".

כל המילים וכל ההסברים לא יוכלו לתאר התרגשות גדולה כזו של מפגש בלתי צפוי של הרעיה ודודה, במיוחד שהדוד מגיע לאחר ציפיה ארוכה כל כך, כשלפתע הרעיה שומעת את קול דודה דופק ומבקש בחביבות ואהבה לתת לו רשות להיכנס; אולם מה שלא יעשו המילים עושה המנגינה.

אדמו"ר הזקן חיבר את הניגון הנפלא "קול דודי דופק", כדי שנחוש את התוכן הרעיוני העמוק של מילות השיר. כששומעים ניגון זה אין צורך בהסברים. די לשמוע אותו ולהרגיש איך הוא חופר לאט לאט בעומק הנשמה עד שנוגע בעצם הנשמה.

אדמו"ר הריי"צ אמר על ניגון זה ש"הוא מנקה את הנשמה ומוריד ממנה את הסירכא (= לכלוך) כשבתנועה האחרונה כבר ניתן להבחין בזה. לכן היה מבקש לנגן ניגון זה בהתוועדויות.

וכמו שאמר אדמו"ר האמצעי על ניגון זה: "האבא (אדמו"ר הזקן) יכול היה לחפור בקרבו של חסיד ולקרוע משם את הלא טוב באמצעות חסידות או ניגון, אבל ניגון זה גם תובע מהחסיד. מילות הניגון הם מענה הרבי לחסיד על שום מה הצורך הדחוף בעבודה עצמית".

ניגון זה הוא ניגון ה' בספר הניגונים, ובחלק ב' (ניגון רי"א) הוא מופיע בגירסה נוספת מדויקת יותר שנוספו בה כמה קטעים.