לרבי כמו לשאר אדמו"רי חב"ד יש סדרת אגרות המתפרשות על עשרות כרכים ובהם למעלה מעשרת אלפים מכתבים שכתב הרבי לאנשים פרטיים ולציבור. משנת ה'תשמ"ז החלו להוציא מכתבים אלה לאור בספרים כדי לזכות את הציבור בעצות והדרכות בעבודת השם, עבודת ה' בשמחה וכיו''ב, עצות על שמירת הבריאות, עצות בשלום בית וכו'.

כמובן שהרבי עונה בראש וראשונה על שאלות בנגלה דתורה ובפנימיות בתורה (קבלה וחסידות), שאלות בעייני מדע ורפואה וכו'.

המכתבים מסודרים בכרכי אגרות הקודש בסדר כרונולוגי על פי התאריך שנכתבו. פעמים מובאים בשולי הגליון הערות הסבר, כמו זיהוי הנמען וכיו''ב, כי בדרך כלל הושמטו שמות הנמנעים או דברים העשויים לפגוע בצנעת הפרט.

עריכת הסדרה והוצאתה לאור נעשית על ידי מערכת אוצר החסידים. רוב הכרכים נערכו ע"י ר' שלום בער לוין וחלקם ע"י ר' שלום יעקב חזן במסגרת מערכת אוצר החסידים.

בתחילת כל כרך יש מבוא הממצה את תוכן האגרות שבכרך והאירועים ההיסטוריים העומדים מאחוריהם.

במבוא לכרך י"ב מסביר ר' שלום בער לוין ב"דעת תחתון", את רצונו הקדוש של הרבי בהדפסת אגרותיו, והדברים הובאו לידיעתו של הרבי, כדלהלן:

מאז שאדמו"ר הזקן קיבל על עצמו את הנהגת חסידות חב"ד, החל סדר של יחידות, בה היו מקבלים מהרבי הוראות והדרכות. כשגדל מספר החסידים ולא היה אפשרות לקבל את כולם ליחידות, יצאו תקנות ליאזנא, המגבילות את הנסיעה לאדמו"ר הזקן. כעבור שנים אחדות נדפס ספר התניא ובהקדמה כתב אדמו"ר הזקן שספר זה כולל: "תשובות על שאלות רבות אשר שואלים בעצה כל אנ"ש דמדינותינו תמיד… ואין הזמן גרמא עוד להשיב לכל אחד על שאלתו בפרטות וגם השכחה מצויה, על כן רשמתי כל התשובות לכל השאלות".

מעין זה ניתן לומר ביחס להדפסת האיגרות: במשך שנים רבות קיבל הרבי ליחידות רבבות אנשים, ובמקביל כתב הרבי איגרות רבות לכל קצוי תבל. הן ביחידויות והן באיגרות ניתנו תשובות בכל שטחי החיים. והנה, בשנים האחרונות כשגדל מספר החסידים, ואין אפשרות להמשיך בסדר ה'יחידות', זוכים אנו להדפסת כרכי האיגרות קודש, שעל ידם נדע את דעתו של הרבי בכל ענין.

וממשיך אדמו"ר הזקן בהקדמתו לתניא: "ומי שדעתו קצרה להבין דבר עצה מתוך קונטרסים אלו יפרש שיחתו לפני הגדולים שבעירו והם יבוננהו". כמו כן יש לומר גם היום, שה"עשה לך רב" יתנו את תשובותיהם על פי דברי הרבי שהודפסו בסדרת ה'איגרות קודש'".

הרבי רוצה שיקראו וילמדו את ה"אגרות קודש". בהוצאת הכרך העשירי של ה"אגרות קודש", בירר הרבי מדוע לא עושים חגיגה, ובאותה הזדמנות ערכו אירוע גדול לרגל הוצאת הכרך העשירי לאור.

מתוך כל סדרת אגרות הקודש יצא לאור כרך מיוחד של האגרות העוסקות בעניני גאולה ומשיח – "אגרות קודש בענייני גאולה ומשיח". אגרות אלה נלקטו ותורגמו על ידי ר' לוי יצחק ניסלביץ' והתמים גיא בצלאל קנטור בסיוע הרב שמעון וייצהנדלר ור' שמואל אלעזר ניסלביץ'.

יהודים רבים נוהגים כיום לחזק את התקשרותם לרבי על ידי שאלות ובקשת עצות וברכות על ידי פנייה לרבי באמצעות האגרות קודש.

להנהגה זו שורש ומקור בתורתו של הרבי, כדלהלן:              

וכידוע המנהג דכמה וכמה מישראל, הן גדולי ישראל, והן אנשים פשוטים, וכן נשים – שלפני עשיית פעולה מסויימת, פותחים ספר קדוש, ומסתכלים במקום שנפתח הספר ונפל מבט-עין לראשונה (שלא במכוון, שהרי, רצו לראות היכן יפתח על פי ההשגחה [ה]עליונה), ועל פי זה החליטו בנוגע לפועל, ולדוגמא: כשנפתח להם בפסוק "פתח תפתח", או "שמח תשמח", וכיו"ב, הי' להם "סימן מלמעלה" שתהיה הצלחה רבה בדבר שעומדים לעשות, או שהבינו על פי הסימן שיש להמנע מעשיית הדבר, או לדחותו לאחר זמן, וכיו"ב (התוועדויות תשמ"ט ח"א עמוד 309).

וכך מתבצעת הכתיבה לרבי:

נוטלים ידים, מקבלים החלטה טובה וכותבים לרבי שאלה או בקשה על דף חלק. ומכניסים אותו לאחד מכרכי האגרות. ובמקום בו הוכנס הדף, יש התייחסות לבקשתם, ורואים ניסי ניסים.